Současné hyperkonkurenční prostředí a globalizace vytvářejí tlak na konkurenční prostředí malých a středních podniků, které musí být flexibilní a fungují s vysokou efektivitou. MSP jsou páteří evropské ekonomiky a jejich podpora je hlavním úkolem každé vlády. Současnou výzvou je nalézt jednoduché způsoby, jak podpořit podnikatelský sektor malých a středních podniků. Controlling jako nástroj řízení ve své nejvyšší úrovni zralosti implementace by měl být pro MSP klíčem, jak zlepšit procesy a přesunout je do pozice neustálého zlepšování. Controlling je nejen ideálním nástrojem pro audit podnikových procesů, ale má také široký rozsah manažerské využitelnosti při operativním a strategickém řízení. Příspěvek bude zaměřen na řízení implementačního procesu, včetně hlavních klíčových implementačních a operačních bodů, jako je kontrola implementační úrovně v MSP a jeho vliv na procesní audit MSP. Výzkum spojuje kvantitativní a kvalitativní výzkum a výsledky budou vysvětleny na reálných příkladech MSP. Cílem příspěvku je nalézt důsledky mezi výkonem a controllingem malých a středních podniků jako nástrojem řízení v podniku se zaměřením na procesní audit. Výsledky výzkumu nám ukazují možné způsoby, jak zlepšit procesy malých a středních podniků na vyšší úroveň.